Kei Narutani y su amiga de la infancia, Song Minghua, son refugiados chinos que huyen de los Zai, una misteriosa organización que aterroriza indiscriminadamente su país y a su gente. Por suerte, durante su escape a Japón son rescatados por un extraño avión rojo.
La fascinación de Kei por esa aeronave lo lleva a conocer a su salvadora: una chica que es una "Anima", la piloto de un tipo único de avión llamado "Daughter". La chica responde al nombre de Gripen, un adorable caza JAS-39F. Kei entabla un vínculo con Gripen y es reclutado por las Fuerzas de Autodefensa de Japón para ayudarla a superar sus problemas con el vuelo.
Más tarde se les unen Eagle, un despreocupado F-15J-ANM, y Phantom, un orgulloso RF-4EJ-ANM; el escuadrón toma las armas, decidido a proteger a la humanidad. Juntos, los cinco luchan contra los invasores Zai, formando la última línea de defensa frente a la amenazante fuerza alienígena.
[Escrito por MAL Rewrite]
