Girls Beyond the Wasteland sigue a Buntarou Hojo, un estudiante de instituto con verdadero talento para escribir, pero sin una dirección clara en la vida. Va pasando por la escuela sin planes de futuro hasta que su compañera de clase Sayuki Kuroda descubre su don y lo involucra en la creación de un juego bishoujo. Lo que empieza como un encuentro incómodo en el baño de hombres —una invitación que por un momento parece una cita antes de convertirse en una entrevista de trabajo— se transforma en el comienzo de una improbable colaboración creativa.
A regañadientes, Buntarou se une a Sayuki mientras ella trabaja para reclutar al resto del equipo, y juntos empiezan a construir un juego desde cero. El proceso dista mucho de ser sencillo. Los plazos se acumulan, las personalidades chocan y cada idea debe sobrevivir al difícil salto del concepto a algo real. A medida que el proyecto toma forma, Girls Beyond the Wasteland convierte el desarrollo de videojuegos en una historia de formación sobre el propósito, la confianza y la lucha por elegir un futuro en lugar de limitarse a dejarse arrastrar hacia uno.