Ga-Rei transcurre en Japón, donde la División de Contramedidas contra Desastres Sobrenaturales (SDCD) opera en secreto para proteger a los ciudadanos corrientes de criaturas que la mayoría de la gente no puede ver. Sus agentes eliminan a estos monstruos con rapidez y discreción, manteniendo oculta al público la amenaza sobrenatural, incluso cuando el peligro empieza a surgir desde el interior de la propia organización.
En el centro de Ga-Rei están Kagura Tsuchimiya y Yomi Isayama. Tras la muerte de su madre, Kagura es acogida por la familia Isayama y crece junto a Yomi, la hija de la familia. Las dos se vuelven inseparables, unidas por un vínculo casi fraternal, y sirven juntas como exorcistas muy competentes para la SDCD. Pero la exigencia de su sagrada obligación, las tensiones de la política familiar y las consecuencias de su labor las van distanciando poco a poco. Kagura sigue esforzándose por asumir el papel de exorcista, mientras Yomi se ve arrastrada hacia un camino más oscuro. A medida que su vínculo se resquebraja, Ga-Rei convierte su acción sobrenatural en una tragedia sobre la lealtad, el duelo y el doloroso precio de la responsabilidad.