Fuuka comienza cuando Yuu Haruna deja atrás su vida tranquila y se muda a Tokio para vivir con sus hermanas, después de que su padre es trasladado al extranjero por trabajo. Mientras sale a comprar la cena y consulta Twitter en su teléfono, choca con una estudiante de bachillerato que lo acusa de haber tomado fotos por debajo de la falda. Ella le arrebata el teléfono, lo rompe, le da una bofetada y lo deja aturdido en el suelo. Esa chica es Fuuka Akitsuki, y además asiste al mismo instituto al que Yuu se está trasladando.
Fuuka se distingue de quienes la rodean: no tiene teléfono móvil y escucha música con un reproductor de CD, lo que le da un aire anticuado en medio de la ciudad. A medida que Yuu la va conociendo, ambos se acercan y deciden formar una banda junto con sus amigos, dando juntos el paso hacia el mundo profesional de la música. Lo que empieza como un encuentro incómodo se convierte en una nueva vida cotidiana en Tokio, construida en torno a la amistad, los ensayos, la música en directo y la incertidumbre de si un sueño compartido podrá resistir la presión de crecer y perseguirlo de verdad.