Fumetsu no Anata e comienza con una esfera, conocida solo como It, enviada a la Tierra para ser observada desde lejos. Capaz de adoptar la forma de aquello que refleja, empieza siendo una roca y luego se convierte en musgo cuando sube la temperatura. Durante mucho tiempo permanece inmóvil hasta que, en un día nevado, un lobo al borde de la muerte cruza su camino. Cuando adopta la forma del lobo, por fin adquiere conciencia de sí misma y empieza a vagar sin un destino claro.
Poco después se encuentra con el dueño del lobo, un joven que espera el regreso de su tribu desde un paraíso del sur del que se dice que abunda en pescado y fruta. Solo, pero lleno de esperanza, el muchacho sigue creyendo que quienes más quiere no se han olvidado de él y que algún día volverán a reunirse. Atraído por la curiosidad y por las huellas que su tribu dejó atrás, decide marcharse de casa con It en busca de ese paraíso.
Con un cuerpo gravemente herido y sin noticias de sus compañeros mayores, el viaje del muchacho se presenta incierto desde el principio. A lo largo de muchos lugares y muchas épocas, Fumetsu no Anata e sigue a un ser inmortal mientras experimenta la humanidad, conoce a toda clase de personas y conserva sus recuerdos.