Shinsekai yori se sitúa en un mundo del futuro lejano en el que un pequeño porcentaje de la humanidad despertó por primera vez, en 2011, capacidades psicocinéticas conocidas como Cantus, y, un milenio después, la sociedad se ha reconstruido en torno a ese poder. En la tranquila localidad de Kamisu 66, Saki Watanabe es la última de sus amigos íntimos en despertar sus habilidades y entrar en la Sage Academy, una escuela para psíquicos que oculta una estricta jerarquía bajo su impecable fachada. Aunque todos los estudiantes poseen Cantus, no todos son tratados por igual, y Saki se inquieta cuando un compañero al que se consideraba más débil que los demás desaparece de pronto.
De regreso a casa, junto con Maria Akizuki, Shun Aonuma, Satoru Asahina y Mamoru Itou, Saki se encuentra con dos extrañas Ratas Monstruo, seres parecidos a topos que veneran como dioses a los usuarios de Cantus. Cuando utiliza su poder para ayudar a una de ellas, recibe una gratitud inesperada, pero también una muestra de lo compleja que es en realidad su relación con la humanidad. A medida que salen a la luz más desapariciones, Saki y sus amigos comienzan a buscar respuestas y descubren los secretos ocultos tras Kamisu 66 y la oscura historia enterrada bajo este nuevo mundo aparentemente perfecto.