En Freezing, la humanidad libra una guerra contra las alienígenas Novas, y el conflicto ha convertido el frente en academias como West Genetics, donde jóvenes conocidas como Pandoras son entrenadas para manejar poderes potenciados por estigmas. Se las empareja con compañeros varones llamados Limiters, que las apoyan en combate y ayudan a mantener su poder bajo control.
La historia se centra en Kazuya Aoi, un estudiante que se convierte en el Limiter de Satellizer el Bridget. Satellizer es una de las Pandoras más formidables de West Genetics, pero su fama de fría y su carácter solitario hacen que sea difícil acercarse a ella, y más aún luchar a su lado. Obligados a trabajar codo con codo, Kazuya y Satellizer deben aprender a confiar el uno en el otro mientras sobreviven a la brutal jerarquía de la academia, a las intensas rivalidades y a los repetidos ataques de las Novas.
Freezing combina drama escolar, ciencia ficción militar y acción con superpoderes, pero el núcleo de toda la franquicia sigue siendo el mismo: la presión que soportan Pandoras y Limiters, el duro entrenamiento en West Genetics y la sensación constante de que cada batalla puede decidir la supervivencia de la humanidad.