Flying Witch sigue a Makoto Kowata, una joven aprendiz de bruja que deja la casa de sus padres en Yokohama cuando la tradición de la brujería exige que quienes la practican se independicen a los 15 años. Viaja al norte, a Aomori, junto a su familiar, el gato negro Chito, atraída por una región apreciada por las brujas por su rica naturaleza y su cercanía a la magia. Allí comienza una nueva vida con sus primos segundos, Kei Kuramoto y su hermana pequeña Chinatsu, mientras trata de compaginar la rutina del instituto con las discretas exigencias de su formación sobrenatural.
A medida que Makoto se adapta, Flying Witch se detiene en los pequeños y extraños detalles que moldean su vida cotidiana: un encuentro con un adivino con aspecto de perro, la peculiar enseñanza mágica que recibe de su hermana mayor Akane y las sutiles formas en que la brujería se cuela en la rutina de amigos y familiares. La serie convierte ese entorno apacible en una historia costumbrista sobre crecer, encontrar un lugar al que pertenecer y descubrir cómo el asombro puede convivir con lo cotidiano sin llegar a imponerse.