FLCL es una franquicia surrealista sobre el paso a la edad adulta, construida en torno a adolescentes corrientes cuyas vidas se ven sacudidas por irrupciones repentinas de caos, robots y la enigmática Haruko Haruhara. En la historia original, Naota Nandaba cursa sexto de primaria en una ciudad donde nunca parece ocurrir nada extraordinario. Con su hermano Tasuku en Estados Unidos jugando al béisbol, Naota se queda a cargo de los rastros que este dejó atrás, desde la litera superior de su casa hasta Mamimi Samejima, la exnovia de Tasuku, que sigue aferrándose a Naota como si así pudiera conservar intacta la vida de antes.
Esa frágil rutina se rompe cuando Haruko llega en una Vespa, con un bajo en la mano, y pone el mundo de Naota patas arriba. Su primer encuentro lo deja con las huellas de los neumáticos en la espalda y un enorme cuerno brotándole de la cabeza, y pronto Haruko se instala por la fuerza en la casa de los Nandaba y en la vida cotidiana de Naota. A medida que se acumulan los sucesos extraños a su alrededor, Naota se ve arrastrado lejos de las preocupaciones propias de la infancia y hacia una lucha caótica que se extiende mucho más allá de su pequeña ciudad, con el destino de la Tierra y del universo entero en juego. A lo largo de la franquicia, esa misma energía anárquica y esa tensión emocional reaparecen en distintas formas, manteniendo a FLCL anclada en el absurdo, la música y una adolescencia incómoda.