En Eyeshield 21, Sena Kobayakawa, tímido, reservado y de baja estatura, pasa sus días en el instituto Deimon tratando de evitar problemas, pero su tamaño lo convierte en un blanco fácil para los matones. Años haciendo recados lo han vuelto inusualmente ágil, y su costumbre de deslizarse entre la multitud le ha dado unos pies rapidísimos que llaman la atención de Youichi Hiruma, el astuto capitán del equipo de fútbol americano Deimon Devil Bats.
Hiruma obliga a Sena a unirse al equipo y, después, impide que los clubes rivales descubran su identidad haciéndolo jugar bajo el casco con visera de «Eyeshield 21», un misterioso corredor que lleva el dorsal 21. La leyenda en torno a Eyeshield 21 afirma que puede correr a la velocidad de la luz y que, durante su etapa en Notre Dame College, logró hazañas extraordinarias en Estados Unidos.
Lo que empieza como una manera de ocultar el talento de Sena se convierte en la base de su crecimiento como jugador y como persona. A medida que participa en la progresión de los Deimon Devil Bats por el fútbol americano, Sena va ganando confianza poco a poco, aprende a confiar en sus compañeros y forja los lazos que lo convierten en el arma secreta del equipo.