Engage Kiss se desarrolla en Bayron City, una reluciente metrópolis insular artificial situada en el Pacífico y fuera de la jurisdicción de cualquier país. Impulsada por un recurso energético descubierto recientemente llamado orgonium y presentada a sus habitantes como un lugar de bienestar, progreso y lujo, la ciudad oculta una realidad mucho más peligrosa bajo su imagen impecable: las amenazas demoníacas y los casos de posesión siguen siendo un peligro constante, y son las compañías militares privadas y otros operadores de menor escala quienes deben detenerlo antes de que haga añicos la vida cotidiana.
Shuu Ogata es uno de esos operadores, un joven exterminador de demonios que dirige su propia pequeña empresa militar privada, pero que aun así tiene dificultades para salir adelante por culpa de sus gastos imprudentes. Su aliada más cercana es Kisara, su compañera demoníaca, que trabaja desde la oficina de Shuu, asiste al instituto en Bayron City y no deja de meterse en su vida diaria con mucho más entusiasmo del que él puede soportar, ya sea con las tareas de casa o con el papeleo. Por incómodo que pueda resultar su arreglo, Shuu y Kisara dependen el uno del otro cuando surgen incidentes demoníacos, enlazando una operación de respuesta con la siguiente mientras intentan proteger Bayron City de las criaturas que acechan en las sombras.
Su trabajo se complica aún más por culpa de Ayano Yuugiri, la exnovia de Shuu, una agente de élite y antigua compañera de la gran compañía militar privada en la que él trabajó en otro tiempo. Mientras Shuu y Kisara siguen ocupándose de los peores problemas de la ciudad, el coste oculto de su labor se vuelve cada vez más difícil de ignorar: exterminar a los poseídos nunca es tan sencillo como parece, y el precio de mantener a salvo Bayron City es algo que muy pocas personas de su entorno comprenden de verdad.