Veinte años antes del comienzo de la historia, un asteroide rumbo a la Tierra destruye Plutón. Debido a la destrucción de Plutón, el asteroide, bautizado como Thanatos, queda temporalmente estancado. Ahora, para evitar la inminente destrucción de la Tierra, la Agencia Internacional para el Desarrollo del Sistema Solar (ISDA) trabaja en el Proyecto D y crea el Dragonaut tras encontrar un huevo de dragón bajo el océano. El propósito principal de esta arma es destruir el asteroide cuando llegue el momento. Sin embargo, pronto descubren que el asteroide no es su única amenaza, ya que poderosas criaturas semejantes a dragones, empeñadas en la destrucción, aparecen en la Tierra.
Tras presenciar el asesinato cometido por una de esas criaturas, Jin Kamishina, un solitario chico de 18 años que perdió a su familia en un accidente de transbordador hace dos años, se ve envuelto en los misterios de los dragones y se convierte en el piloto elegido del Dragonaut. Acompañándolo en su camino está Toa, una misteriosa chica que lo salva de caer y morir después de que la criatura lo ataca. A medida que se adentran en los misterios de los dragones, conocen nuevos amigos y enemigos y también comienzan a desarrollar una relación más cercana.