En Divine Gate, la leyenda de una puerta capaz de sacudir el mundo se cuenta a los niños como un relato sobre la fusión del mundo de los vivos, los cielos y el inframundo. En realidad, a las personas nacidas con habilidades elementales fruto de esa unión se las conoce como Adapters, y el Consejo Mundial mantiene el orden tratando la Puerta como poco más que un mito. El Consejo también supervisa una academia especial donde los Adapters se entrenan para controlar sus poderes y prepararse para el caos que rodea a la Puerta.
Aoto es un adolescente que controla el agua, con un talento excepcional y un pasado trágico, pero rechaza una y otra vez la invitación del Consejo para unirse a la academia, hasta que la enérgica Midori, que controla el viento, y la obstinada Akane, que controla el fuego, lo empujan a hacerlo. Mientras Aoto, Midori y Akane buscan la verdad, Divine Gate sigue su intento de llegar a la propia Puerta y descubrir qué se oculta tras la leyenda. Su camino los conduce hacia el Consejo Mundial y su enigmático líder, Arthur, mientras su propia desesperación y las tramas ocultas a su alrededor ponen a prueba si pueden confiar los unos en los otros el tiempo suficiente para enfrentarse a la verdad de los mundos que fueron obligados a unirse.