Deca-Dence se desarrolla en un futuro en el que los monstruosos Gadoll han empujado a la humanidad al borde de la extinción. Los últimos supervivientes viven dentro de la gigantesca fortaleza móvil Deca-Dence, dividida entre los pisos superiores, donde la clase guerrera conocida como los Gears combate como parte de la Power, y el distrito inferior llamado el Tank, donde la mayoría de los Tankers se encargan de trabajos de apoyo, despiezan carne de Gadoll y refuerzan las defensas de la fortaleza.
Entre los Tankers, Natsume sueña con unirse a la primera línea a pesar de su prótesis en el brazo derecho. Quiere luchar junto al reducido número de soldados Tanker a los que se permite combatir al lado de los Gears, pero su incorporación sigue sin aprobarse incluso cuando los demás niños del orfanato reciben sus asignaciones. En su lugar, consigue un trabajo de limpieza para un equipo de reparación de armaduras dirigido por Kaburagi, un hombre de carácter duro y aparentemente apático que claramente sabe más sobre el mundo de lo que admite. A medida que avanza su improbable alianza, Kaburagi empieza a guiar a Natsume hacia un papel que podría alterar el statu quo de la propia Deca-Dence, al reconocerla como un fallo del sistema capaz de cambiarlo todo.