Dark Gathering se centra en Keitarou Gentouga, un estudiante de primer año de universidad cuya poderosa presencia espiritual ha atraído a los espíritus hacia él desde la infancia. Un encuentro traumático dejó maldita su mano derecha, por lo que siempre lleva un guante mientras intenta construir una vida tranquila y normal. Cuando su amiga de la infancia, Eiko Houzuki, lo anima a aceptar un trabajo como profesor particular, su primer alumno resulta ser Yayoi Houzuki, prima de Eiko y la alumna más destacada de la clase de ingreso de la empresa de clases particulares.
Yayoi tiene dos pupilas en cada ojo, un don que le permite ver el mundo de los espíritus y cazar a propósito fantasmas vengativos. Después de que un accidente de coche matara a sus dos padres, ha dedicado su vida a encontrar al poderoso espíritu que se llevó el alma de su madre fallecida. Como los espíritus se sienten atraídos por Keitarou, lo arrastra a su búsqueda y le pide que la ayude a reunir espíritus malignos que acabarán sirviéndole como armas en su enfrentamiento con ese enemigo. Lo que comienza como una alianza incómoda pronto se convierte en un peligroso viaje a través de apariciones, maldiciones y una venganza obsesiva, en el que cada nuevo espíritu pone a prueba la determinación de Keitarou para seguir adelante.
