Dandadan sigue a Momo Ayase y a Ken Takakura, apodado Okarun, dos estudiantes de secundaria cuyas creencias opuestas los arrastran a la misma pesadilla. Momo está convencida de que los fantasmas existen, pero se ríe de los extraterrestres, mientras que Okarun es el tipo de chico cuya obsesión con los ovnis lo convierte en un blanco fácil para las burlas. Lo que empieza como una discusión en broma pronto se convierte en la prueba de que ambos bandos del debate son reales: leyendas urbanas, espíritus y seres extraterrestres irrumpen en sus vidas cotidianas, sin dejarles ningún lugar seguro al que volver.
A medida que Momo y Okarun sobreviven a una ocurrencia extraña tras otra, ambos empiezan a despertar poderes insólitos y a apoyarse en las fortalezas del otro. Lo que hace que Dandadan funcione es la forma en que la acción sobrenatural y la comedia se mantienen ligadas a la tensa e incómoda química de la pareja, mientras entidades hostiles siguen acercándose y el frágil ritmo de la vida adolescente normal se vuelve cada vez más difícil de preservar. La serie amplía sin cesar el mundo secreto que los rodea, hasta volverlo absurdo, peligroso e imposible de ignorar.