D-Frag! se centra en Kenji Kazama, el autoproclamado líder de una pequeña banda de delincuentes de la Academia Fujou, que no desea otra cosa que hacerse un nombre y parecer imponente ante los demás estudiantes. Ese plan se desmorona cuando él y sus amigos terminan por casualidad en el Club de Desarrollo de Videojuegos mientras intentan apagar un incendio. En lugar de un debut dramático, Kenji queda desbordado por los excéntricos miembros del club, superado en su propio juego y arrastrado a un caótico mundo de actividades extraescolares del que parece incapaz de salir.
Una vez atrapado allí, Kenji se ve envuelto en constantes enfrentamientos con la presidenta del consejo estudiantil Chitose Karasuyama, la chica marimacho Sakura Mizukami, la asesora perezosa Minami Oosawa y la escurridiza Roka Shibasaki. Sus choques se convierten en una sucesión de absurdas actividades del club, intrigas escolares y malentendidos cada vez más graves, mientras los intentos cada vez más desesperados de Kenji por escapar no hacen sino empeorar las cosas. D-Frag! transforma la vida cotidiana del campus en una comedia ágil sobre orgullo, alboroto y juegos mal gestionados, donde cada pequeña victoria parece conducir a otra catástrofe.
