Cyborg 009 sigue a Joe Shimamura, también conocido como Cyborg 009, y a los demás sujetos humanos de prueba secuestrados por la misteriosa organización Black Ghost y reconstruidos como cíborgs con superpoderes. Unidos por la violencia que cambió sus vidas, los nueve guerreros vuelven sus habilidades contra quienes los crearon y contra las numerosas fuerzas que se benefician de la guerra, la explotación y el sufrimiento masivo. A lo largo de la franquicia, el equipo se ve arrastrado a batallas que van desde misiones encubiertas hasta conflictos abiertos, pero el núcleo de la historia sigue siendo el mismo: un grupo de armas a la fuerza que intenta proteger a la gente común mientras recupera su propia humanidad.
La serie mezcla ciencia ficción, acción y drama humano, y utiliza la personalidad y los poderes de cada miembro para mostrar distintas respuestas a la pérdida, la lealtad y la resistencia. Algunos son más imprudentes, otros más analíticos, y algunos llevan el peso de su pasado con mayor discreción, pero todos luchan bajo el mismo código. Tanto si la historia se cuenta en el formato clásico del anime televisivo como en adaptaciones posteriores, Cyborg 009 se centra en la solidaridad, la convicción moral y la lucha por seguir siendo humano en un mundo moldeado por el abuso tecnológico y la guerra.
