Cross Game sigue a Kou Kitamura y Aoba Tsukishima, dos adolescentes de familias vecinas cuyas vidas llevan años entrelazadas por la amistad y los negocios familiares. Kou es el hijo único de los dueños de Kitamura Sports, mientras que Aoba se cría en el centro de bateo de la familia Tsukishima, y ambos hogares se mueven de una casa a otra como si formaran una gran familia. Aun así, Kou y Aoba casi nunca están de acuerdo en nada. Kou finge ser indiferente al béisbol, pero los años pasados entre las jaulas de bateo lo han convertido, casi sin darse cuenta, en un bateador nato; Aoba vive para este deporte y, desde muy pequeña, demuestra la técnica y el talento de una lanzadora excepcional.
Su rivalidad también está estrechamente ligada a Wakaba Tsukishima, la hermana mayor de Aoba, cuya calidez mantiene muy unidas a ambas familias y cuyo vínculo con Kou se convierte para Aoba en una fuente de celos y tensión emocional. Mientras Kou y Aoba se lanzan pullas, compiten y ponen a prueba el orgullo del otro, el béisbol se convierte en el terreno donde la terquedad, el afecto y los sentimientos no expresados dan forma a su crecimiento. Cross Game construye su drama a partir de pequeñas rivalidades, esperanzas íntimas y la presión de estar a la altura de unas relaciones que parecían decididas mucho antes de que cualquiera de los dos entendiera lo que significaban, empujando a Kou y Aoba hacia una mayor conciencia de sí mismos y hacia un vínculo que ninguno de los dos puede definir con facilidad.