Corpse Princess se centra en Ouri Kagami, un huérfano que vive en un santuario con otros niños y ha crecido rodeado de muerte y cadáveres. Su tranquila vida cambia cuando presencia cómo Keisei Tagami, el protector del orfanato, parece devolver a la vida el cuerpo marcado de la estudiante Makina Hoshimura. Makina no es una chica viva corriente, sino una Shikabane Hime: una guerrera no muerta obligada a cazar a otros Shikabane, criaturas que amenazan a la sociedad normal.
A medida que Ouri se adentra en la extraña existencia de Makina, sigue cruzándose con ella en momentos marcados por la violencia, el secreto y las reglas antinaturales que rigen el mundo de los Shikabane. Lo que comienza como asombro y curiosidad se convierte poco a poco en un vínculo frágil, mientras el misterio en torno a la condición de Makina, el papel de Keisei y la estructura oculta que sostiene a estos seres no muertos se vuelve imposible de ignorar. Corpse Princess transforma gradualmente la vida cotidiana de Ouri en el santuario en una lucha que vincula a los vivos, los muertos y los secretos en el corazón del mundo de los Shikabane, donde sobrevivir depende de comprender la frontera entre la humanidad y los no muertos.
