Coppelion se desarrolla en un Tokio aislado del mundo de los vivos durante veinte años, después de que un desastre nuclear dejara la capital contaminada y casi irreconocible. En el centro de esa ciudad arruinada están Ibara Naruse, Aoi Fukasaku y Taeko Nomura, tres chicas de instituto que pueden moverse por las calles vacías con la misma serenidad que unas estudiantes corrientes, aunque su misión dista mucho de serlo. Como miembros de la 3.ª Fuerza Especial de Despliegue Coppelion, el equipo sanitario, colaboran con las Fuerzas Terrestres de Autodefensa de Japón (JGSDF) y con el coronel Onihei Mishima para buscar en la zona muerta a cualquier persona que siga con vida.
Cada vez que las chicas encuentran supervivientes, los guían de regreso a los helicópteros de evacuación que esperan más allá del perfil quebrado de la ciudad y los sacan de la capital sellada. Sin embargo, cada incursión más profunda en Tokio vuelve la misión más peligrosa y más inquietante. Los edificios en ruinas, las autopistas silenciosas y el aire tóxico crean un mundo en el que el rescate nunca es sencillo, y el hecho de que Ibara, Aoi y Taeko puedan moverse por la ciudad contaminada sin equipo de protección plantea preguntas difíciles sobre quiénes son y por qué pueden sobrevivir donde otros no. Coppelion convierte la supervivencia, la identidad y el coste persistente de la catástrofe en el centro de su historia.