Cop Craft transcurre en San-Teresa, una ciudad transformada hace quince años, cuando se abrió una puerta hiperspacial en mitad del océano Pacífico y unió la Tierra con un extraño mundo de hadas y monstruos. La llegada de más de dos millones de visitantes de otro mundo convirtió la ciudad en un lugar de convivencia tensa, pero también trajo consigo tráfico de drogas, prostitución y otros delitos que hoy ensombrecen sus calles. Para mantener el orden, la Policía Metropolitana de San-Teresa creó un departamento especial dedicado a los casos más peligrosos de la ciudad.
El exsoldado de las Fuerzas de Autodefensa de Japón Kei Matoba es uno de sus agentes más brillantes, aunque es conocido por saltarse las normas cuando hace falta. Tras salir mal una operación de tráfico de hadas, Kei pierde a Rick Fury, su amigo y compañero durante cuatro años, y se propone vengarlo. La investigación lleva al departamento a emparejarlo con Tilarna Exedilika, una noble del Reino de Farbani y una de las Caballeras de Mirvor. Su misión es recuperar al hada noble que Kei encontró en su último caso, mientras que los propios prejuicios de Kei contra los no humanos hacen que la colaboración resulte cualquier cosa menos fácil. Obligados a trabajar juntos, Kei y Tilarna deben superar sus diferencias, recuperar al hada desaparecida y enfrentarse al mundo criminal que amenaza a ambas ciudades.
