En un soleado día de julio del año 41 de la Era Shinka, Jirou Hitoyoshi debe escuchar en secreto una reunión entre un alto científico del gobierno y un espía industrial. Sin embargo, su tapadera se ve descubierta y el espía resulta ser un extraterrestre disfrazado. En medio del caos, Jirou pide la ayuda de Kikko Hoshino, camarera de un café y chica mágica, una de las muchas "superhumanas" que se mezclan con la sociedad y protegen en secreto a la humanidad de las amenazas extraterrestres. Como miembro de la agencia gubernamental conocida como el Laboratorio de Investigación de la Superpoblación, Jirou tiene la doble tarea de proteger a los superhumanos que defienden a la humanidad y de eliminar a aquellos considerados demasiado peligrosos para seguir viviendo. Tras demostrar que era una aliada valiosa, Kikko es invitada a unirse a la agencia como su nueva recluta.
Cinco años después: la desaprobación y el rechazo hacia los superhumanos son ya algo habitual en Tokio. Desde la corrupción gubernamental y las ideas contrapuestas de justicia hasta la moralidad de los derechos de los superhumanos, la relación entre los humanos y esa minoría sobrenatural se mantiene en un precario equilibrio en un mundo invadido por susurros de malestar y tensión. Bajo circunstancias misteriosas, Jirou ha traicionado a la agencia y ahora es un fugitivo. Mientras merodea por los callejones lluviosos de Shinjuku, es perseguido por esos mismos superhumanos a los que él mismo reclutó.
[Escrito por MAL Rewrite]