Conception comienza con Itsuki, un estudiante de secundaria recién graduado cuya vida se ve sumida en el caos cuando su prima Mahiru le dice de repente que está embarazada. Antes de que pueda siquiera asimilar la confesión, un destello de luz los arrastra a Granvania, un mundo en el que las Estrellas están siendo engullidas por las Impurezas y la tierra se desmorona rápidamente en el caos.
Una vez en Granvania, Itsuki descubre que es una de las pocas personas destinadas a encontrarse con las Doncellas Estelares, mujeres que pueden ayudar a proteger el reino de la corrupción que se extiende por todo el territorio. Obligado a asumir un papel que nunca pidió, debe colaborar con las Doncellas Estelares y engendrar Hijos Estelares si quiere tener alguna posibilidad de restablecer el equilibrio, sobrevivir a las Impurezas y encontrar el camino de regreso a casa.
Mientras Itsuki lucha por comprender la carga que se le impone, la historia gira en torno al vínculo incómodo que lo une a Mahiru y a la presión de ser tratado como la última esperanza de Granvania. Conception combina fantasía, desesperación e intimidad en una historia sobre el destino, la supervivencia y el precio de responder a un mundo en crisis.
