Code:Breaker sigue a Sakura Sakurakouji, una chica de apariencia alegre cuya delicadeza oculta a una experta en artes marciales y un inquebrantable sentido de la justicia. Un día, de camino a casa, ve a unas personas ardiendo en llamas azules dentro de un autobús y llama de inmediato a la policía, solo para descubrir que no queda ni rastro del crimen. El misterio se vuelve aún más inquietante al día siguiente, cuando Rei Oogami, un nuevo alumno transferido, se incorpora a su clase y resulta ser el mismo chico al que vio cometer un asesinato a sangre fría.
En la escuela, Rei es amable, encantador y pronto se gana a todo el mundo, de modo que la acusación de Sakura parece imposible. Poco después, ella descubre la verdad: Rei es un Code Breaker, uno de los «que no existen», y empuña misteriosos poderes para impartir justicia según el principio de «ojo por ojo». Negándose a apartar la mirada, Sakura se mantiene cerca de él e intenta devolverlo al buen camino antes de que haya más personas heridas. A medida que el vínculo incómodo entre ambos se profundiza, la idea de justicia de Sakura se pone a prueba frente a la visión implacable que Rei tiene de ella.
