Clannad sigue a Tomoya Okazaki, un joven problemático que ve poco sentido en la escuela y deja pasar los días junto a su amigo Youhei Sunohara, convencido de que nunca llegará a nada. Esa rutina cambia cuando conoce a Nagisa Furukawa, una chica tímida que se anima a sí misma diciendo en voz alta las cosas que le gustan, entre ellas el anpan, un popular alimento japonés. Al principio, Tomoya le resta importancia al encuentro, pero Nagisa sigue apareciendo en su vida y pronto lo arrastra a su objetivo de reactivar el club de teatro del instituto. Tuvo que repetir un año a causa de una grave enfermedad, y decide perseguir ese sueño con la ayuda a regañadientes de Tomoya y el apoyo de otras cuatro chicas.
A medida que Tomoya pasa más tiempo con Nagisa y las demás, va conociendo mejor sus problemas, sus arrepentimientos y sus esperanzas silenciosas. Lo que empieza como un pequeño favor se convierte en el centro de una historia más amplia sobre la amistad, el apoyo emocional y la forma en que los días corrientes pueden cambiar a una persona. A lo largo de la franquicia Clannad, esos vínculos siguen siendo el corazón de la narración, equilibrando el humor y la melancolía mientras Tomoya descubre poco a poco que la vida es más rica y más frágil de lo que creía.