Citrus sigue a Yuzu Aihara, una estudiante de secundaria moderna e impulsiva cuya vida da un vuelco cuando su madre se vuelve a casar y ella se ve obligada a trasladarse a una estricta academia femenina. Acostumbrada a una rutina diaria más ruidosa y despreocupada, Yuzu choca de inmediato con las rígidas normas del centro y con Mei Aihara, la severa presidenta del consejo de estudiantes, que considera la disciplina innegociable y pronto se convierte en su nueva hermanastra.
Obligadas a compartir casa, Yuzu y Mei viven en constante convivencia, donde las obligaciones familiares, la presión escolar y sentimientos que ninguna de las dos comprende del todo empiezan a superponerse. El carácter extrovertido y espontáneo de Yuzu choca de frente con la actitud controlada y distante de Mei, convirtiendo los momentos cotidianos en enfrentamientos incómodos, silencios tensos y pequeños gestos que significan más de lo que ninguna de las dos quiere admitir. A medida que se adaptan a su nueva situación familiar y a las exigencias de la vida en la academia, Citrus retrata el lento y frágil paso de la rivalidad y el deber hacia un primer amor que ninguna de las dos puede nombrar ni ignorar con facilidad.
