Charlotte sigue a Yuu Otosaka, un estudiante dotado que puede tomar el control de la mente y el cuerpo de otra persona durante cinco segundos cada vez. Usa ese poder para hacer trampa en los exámenes y salir adelante en el instituto, hasta que Nao Tomori, la perspicaz presidenta del consejo estudiantil de la Academia Hoshinoumi, descubre su truco y lo obliga a trasladarse. Una vez allí, Yuu descubre que Hoshinoumi es un refugio oculto para adolescentes con habilidades sobrenaturales y que el consejo estudiantil existe para localizar a los usuarios de poderes que abusan de ellos y proteger a quienes necesitan ayuda. Trabajando junto a Nao y al resto del consejo, Yuu empieza a ayudar al grupo a buscar nuevos usuarios de habilidades e intervenir antes de que sus poderes causen daño. Lo que comienza como un acuerdo cínico poco a poco lo va involucrando en la vida de personas cargadas con habilidades extraordinarias, y cuanto más profundiza el consejo, más enrevesada y compleja se vuelve la verdad que se esconde tras esos poderes.
