Champignon no Majo sigue a Luna, una bruja que vive sola en lo profundo del Bosque Negro, donde abundan las setas venenosas y el aire mismo parece inseguro. Su cuerpo convierte en peligroso incluso el contacto más simple: su piel es venenosa al tacto y su aliento puede matar si alguien se acerca demasiado. Por ese motivo, se ha visto obligada a llevar una vida de aislamiento, lejos de la civilización cercana, aunque no ha roto todos sus vínculos con el mundo que queda más allá de los árboles. Luna sigue viajando a una ciudad cercana para entregar medicinas y comprar nuevos libros que leer, cruzando en silencio la frontera entre el aislamiento y la sociedad.
Aunque nunca ha hecho daño a los habitantes de la ciudad, muchas personas siguen temiéndola porque es una bruja negra en un reino gobernado por brujas blancas. Desde el borde de la multitud, Luna observa cómo otros reciben su medicina y hablan libremente entre sí, siempre consciente de lo separada que sigue estando de la vida cotidiana que se desarrolla a su alrededor. Atraída por su mundo pese al peligro, continúa yendo y viniendo entre el bosque y la ciudad, en busca de un lugar al que pertenecer sin que la traten como una amenaza.