Bubble está ambientada en un Tokio aislado del resto del mundo después de una misteriosa explosión y de una lluvia de burbujas que desafían la gravedad, que transformaron la ciudad en unas ruinas selladas y alteradas por la gravedad. Cinco años después de la Caída de las Burbujas, la capital se ha convertido en una zona prohibida, donde las calles son engullidas por un mar cambiante de burbujas y edificios en ruinas, y los niños huérfanos sobreviven participando en peligrosos combates de parkour por equipos a través del accidentado perfil urbano de la ciudad.
Hibiki destaca como uno de los mejores atletas de esos concursos, sobre todo porque puede percibir las burbujas y saltar de una a otra. Atraído por unos sonidos que cree que proceden de la Torre de Tokio, se adentra más en la zona prohibida en busca de su origen, solo para caer a las aguas de abajo. Allí lo rescata una misteriosa chica a la que llama Uta. Su llegada arrastra a Hibiki hacia la verdad que se esconde tras la catástrofe que cambió Tokio y los secretos ocultos bajo la ciudad sellada, mientras ambos se abren camino por un mundo en el que la propia gravedad ya no se comporta como debería.