Bokurano comienza en un campamento de verano junto al mar, donde quince niños descubren una cueva oculta cerca de la playa y conocen a un misterioso hombre llamado Kokopelli. Les propone un juego extrañísimo: cada uno deberá, por turnos, pilotar un robot gigante para defender la Tierra de ataques alienígenas. La mayoría acepta partiendo de la idea de que están probando una simulación, pero la primera batalla deja claro que el contrato es real y que cada victoria conlleva un terrible precio.
A medida que los niños se ven arrastrados de combate en combate, Bokurano se convierte en un tenso drama de ciencia ficción y psicológico sobre el miedo, la culpa y la responsabilidad. El grupo debe cargar con el peso de proteger un mundo que apenas comprende, al tiempo que afronta los secretos personales que influyen en la manera en que cada niño reacciona ante la lucha. La creciente desconfianza, la frágil cooperación y el temor que va en aumento definen la serie, mientras las reglas del juego se vuelven cada vez más brutales. Lo que empieza como una promesa imposible se transforma poco a poco en una dura prueba de carácter, obligándolos a decidir cuánto están dispuestos a sacrificar por desconocidos, por los demás y por sí mismos.