Bokura ga Ita sigue a Nanami Takahashi cuando entra en el instituto decidida a hacer nuevas amistades y encontrar su lugar entre sus compañeros. Allí conoce a la tímida Yuri Yamamoto, quien le habla de Yano Motoharu, un chico popular de su clase con una reputación complicada. A Yuri le interesa poco porque antes tuvo una relación con su hermana mayor, Nana, y al principio a Nanami también le desagrada su actitud. Aun así, la opinión de Nanami empieza a cambiar a medida que ella y Yano pasan más tiempo juntos, y su incómoda relación termina convirtiéndose poco a poco en noviazgo.
Lo que se desarrolla es un romance frágil marcado tanto por la duda como por el afecto. Yano lucha por abrirse a Nanami, todavía cargando con el peso de su relación con Nana y el daño emocional que dejó tras de sí. A medida que su vínculo se hace más profundo, Nanami y Yano tienen que lidiar con los celos, el silencio, los malentendidos y el desamor mientras intentan proteger algo que ninguno de los dos puede expresar con facilidad. La serie retrata cómo el amor juvenil puede ser tierno, doloroso y difícil de sostener, incluso cuando ambos saben con toda claridad cuánto se quieren.