Blue Lock sigue a Yoichi Isagi, un delantero de instituto cuya última oportunidad de llevar a su equipo de fútbol al campeonato nacional se desvanece en una decisión tomada en una fracción de segundo: pasar el balón en lugar de disparar. Esa elección lo deja furioso consigo mismo e inseguro de si fracasó por indecisión, por confiar en el juego colectivo o simplemente por carecer del instinto asesino que necesita un verdadero delantero. Cuando regresa a casa, una invitación de la Unión Japonesa de Fútbol lo cambia todo.
Isagi es seleccionado como uno de los 300 delanteros sub-18 reclutados para Blue Lock, un controvertido proyecto concebido para crear al delantero estrella de la selección japonesa. Dentro de este sistema implacable, los jugadores se ven obligados a demostrar su valía mediante una cadena de competiciones individuales y por equipos en las que el talento, el ego y la capacidad de adaptación importan tanto como la mera capacidad goleadora. Cada partido los empuja a decidir hasta dónde están dispuestos a llegar para sobrevivir y si la cooperación puede existir en un lugar diseñado para premiar la crueldad.
Aunque Isagi tiene reservas éticas sobre el proyecto, no puede ignorar la oportunidad de destacar por encima del resto. Para llegar a lo más alto, debe seguir evolucionando, superar a sus rivales y luchar por su lugar aunque eso signifique aplastar los sueños de otros 299 jóvenes delanteros aspirantes.