En Blue Gender, Yuji Kaido deposita sus esperanzas en el sueño criogénico después de que una enfermedad incurable le arrebate el futuro, con la esperanza de despertar cuando se haya encontrado una cura. En lugar de eso, abre los ojos en 2031 y se encuentra con una Tierra en ruinas, invadida por monstruos devoradores de seres humanos. Rodeado y al borde de la muerte, es rescatado in extremis por un escuadrón de soldados que combate a esas criaturas con grandes máquinas de guerra. Entre ellos está Marlene Angel, la líder del equipo que lo saca de la animación suspendida para arrastrarlo a una guerra por la supervivencia de la humanidad.
Gracias a Marlene, Yuji descubre que la especie alienígena conocida como BLUE invadió la Tierra décadas atrás y llevó a la humanidad al borde de la extinción. Abrumado por la realidad de pesadilla del mundo que lo rodea, aun así se une a la resistencia contra los BLUE y se ve obligado a adaptarse a un campo de batalla que se ha convertido en la vida cotidiana de los supervivientes. La determinación por sí sola no bastará: si quiere contribuir de verdad a la lucha por salvar a la humanidad, Yuji deberá aprender a sobrevivir junto a soldados curtidos y a enfrentarse a las despiadadas criaturas que ahora dominan el planeta.
