Zetsuen no Tempest comienza con Yoshino Takigawa, un adolescente corriente que mantiene en secreto una relación con Aika Fuwa, la hermana menor de su mejor amigo, Mahiro. Cuando Aika muere en circunstancias misteriosas, Mahiro desaparece y se obsesiona con encontrar al responsable y hacerle pagar por el asesinato de su querida hermana. Yoshino intenta seguir con su vida con normalidad, pero, tras un mes sin noticias de Mahiro, se ve sorprendido por una extraña chica que le apunta con una pistola; justo a tiempo, Mahiro llega y lo salva.
Ese encuentro arrastra a Yoshino a la búsqueda de Mahiro y lo introduce en un conflicto mucho mayor que una venganza personal. Su camino los lleva hasta Hakaze Kusaribe, una bruja cuyo propio clan la ha desterrado a una isla desierta tras una lucha interna. Hakaze explica que su hermano, Samon, quiere aprovechar el poder del Árbol del Éxodo a pesar de su oposición y del peligro que supone para el mundo. Unidos por el dolor, la desconfianza y una creciente sensación de urgencia, Yoshino y Mahiro se alían con Hakaze para descubrir la verdad detrás de la muerte de Aika mientras corren contrarreloj para detener una catástrofe que amenaza todo lo que los rodea.