En Black Torch, Jirou Azuma, un chico de diecisiete años, vive tranquilamente con su abuelo y utiliza su capacidad sobrenatural para hablar con los animales para entablar amistad con ellos y protegerlos. Como descendientes de un antiguo clan shinobi, ambos se han entrenado en combate para mantener vivo el arte marcial de su familia. La vida de Jirou da un vuelco cuando rescata a un gato negro llamado Ragou y descubre que en realidad se trata de un mononoke, un espíritu demoníaco que lleva mucho tiempo en guerra con la humanidad. Cuando un mononoke hostil va en busca de Ragou, Jirou salta en defensa del gato, pero sufre una herida mortal.
En lugar de devorar la energía menguante de Jirou y recuperar así todo su poder, Ragou le entrega al muchacho la energía que le queda. El intercambio revive a Jirou y le otorga poderosas habilidades sobrenaturales que se combinan con su estilo de combate shinobi. Ryousuke Shiba, un agente de la Oficina de Espionaje cuya tarea es enfrentarse a los mononoke agresivos, presencia su extraño vínculo. Shiba ofrece a Jirou y a su abuelo un puesto en el nuevo escuadrón de la Oficina, Black Torch, donde deberán luchar contra los mononoke que amenazan con devorar a personas inocentes.
