Black Lagoon sigue a Rokurou Okajima, un asalariado cuya vida rutinaria en una corporación japonesa termina cuando una negociación comercial en Tailandia sale desastrosamente mal. Hecho rehén por la Lagoon Company, una banda de despiadados mercenarios piratas, queda a su merced cuando sus superiores se niegan a pagar su rescate. En lugar de suplicar por su vida, Rokurou toma la sorprendente decisión de unirse a la tripulación que lo ha secuestrado.
Ahora atrapado en Roanapur, una decadente ciudad portuaria donde la corrupción, el crimen y los tiroteos marcan las reglas, Rokurou tiene que aprender a sobrevivir entre contrabandistas, sindicatos criminales y sicarios. La Lagoon Company sobrevive transportando cargamentos ilegales y persiguiendo el beneficio en un lugar donde hasta el menor error puede costarle la vida a alguien, y Rokurou pronto se ve enfrentado una y otra vez a Revy, su impulsiva compañera, siempre con la pistola en la mano.
Mientras intenta dejar atrás su antigua vida corporativa, Rokurou se ve obligado a tomar decisiones difíciles bajo presión y a adaptarse a un mundo que premia la crueldad. Atrapado entre el peligroso trabajo de la tripulación, el violento submundo de la ciudad y la necesidad de conservar la poca humanidad que le queda, debe decidir hasta dónde está dispuesto a llegar para seguir con vida.