Black God sigue a Ibuki Keita, un estudiante de instituto cuya vida ha estado marcada por la mala suerte más implacable desde que tiene memoria. La tragedia parece perseguirlo allá donde va, y las personas que lo rodean a menudo terminan muertas, lo que deja a Keita aislado y reacio a acercarse a nadie, ni siquiera a su amiga de la infancia, Akane. Incapaz de escapar de una vida de miseria y deshonra, va pasando los días esperando que la siguiente desgracia sea peor que la anterior.
Una noche, mientras come en su local de ramen favorito, Keita conoce a Kuro, una chica extraña cuyas capacidades superan con mucho las de un ser humano corriente. Kuro le revela que es una Mototsumitama y le explica qué es Terra, una fuerza de energía vital repartida entre tres personas idénticas, así como el sistema mundial Doppeliner y la función del Coexistence Equilibrium, los seres que protegen el flujo de Terra en todo el mundo. Al principio Keita se niega a creerla, pero cuando queda atrapado en el fuego cruzado de este conflicto oculto y al borde de la muerte, hace un contrato con Kuro. Desde ese momento queda ligado a ella y debe permanecer a su lado en todo momento, mientras la verdad de ese vínculo empieza a alterar su destino.
