Big Order comienza diez años antes de la historia principal, cuando un hada llamada Daisy se le aparece al niño Eiji Hoshimiya y le pide que exprese su único y verdadero deseo. Lo que Eiji pidió sigue siendo un misterio, pero las consecuencias son catastróficas. En el suceso que más tarde se conocería como la Gran Destrucción, el mundo empieza a desmoronarse mientras todo se derrumba a su alrededor y mueren incontables personas.
Años después, Eiji es un estudiante de instituto cuya única preocupación es su hermana enferma. Ya no recuerda qué pidió, solo que su deseo provocó la Gran Destrucción. En los años transcurridos desde aquel desastre, miles de personas han despertado también habilidades capaces de hacer realidad el deseo que albergan en el corazón. A estas personas, conocidas como Orders, el público en general las teme y las detesta por considerarlas seres peligrosos.
Sin embargo, el peligro que rodea a Eiji es más personal que la desconfianza pública. Algunos de esos Orders lo persiguen para vengar a quienes él mató, convirtiendo su vida en una sucesión de implacables intentos de asesinato. Mientras lucha por sobrevivir, Eiji se ve obligado a afrontar el mayor de todos los misterios: qué pidió y qué pretendía conseguir cuando ese deseo trajo tanta ruina al mundo.