Beelzebub transcurre en Ishiyama High, un instituto en el que bandas de delincuentes imponen su ley mediante violencia constante y donde incluso los estudiantes más duros evitan a Tatsumi Oga, el alumno de primer año más temido del centro. La vida de Oga da un vuelco cuando encuentra a un hombre a la deriva por el cauce de un río y lo ayuda a salir a tierra, solo para que el desconocido se abra y revele a un bebé que enseguida se aferra a la espalda de Oga.
Ese niño es Kaiser de Emperana Beelzebub IV, conocido como «Baby Beel», hijo del Rey Demonio y futuro gobernante del Inframundo. Poco después, Hildegard, la sirvienta demonio de Beel, llega para recuperarlo y mantener bajo control a la insólita pareja, pero Oga y Hildegard acaban atrapados en una incómoda alianza. Juntos intentan criar a Baby Beel mientras sobreviven a los delincuentes juveniles de Ishiyama, a los poderes demoníacos y al caos que sigue al pequeño adondequiera que va. Entre peleas en el patio del instituto y desastres sobrenaturales, Oga descubre que proteger al hijo del Rey Demonio puede exigir más resistencia, y una responsabilidad más inesperada, que cualquier combate que haya ganado.