Battle Spirits es una franquicia de anime de largo recorrido construida en torno a duelos librados con cartas, espíritus y las ambiciones de jóvenes combatientes, cuyos enfrentamientos a menudo acaban dando forma a conflictos mucho mayores. A lo largo de sus distintas entregas, la serie combina las rivalidades de torneo con la guerra fantástica y utiliza Battle Spirits no solo como un juego, sino como una fuerza capaz de decidir los vínculos personales, las luchas políticas y el destino de mundos enteros.
En Battle Spirits [Re] Zekkai No Ku, esa fórmula se traslada al año 3 de Keio, en Hinomoto y Eito, durante el Bakumatsu. Ku Bashin quiere hacerse más fuerte a través del Standard Battle Spirits, hasta que se cruza con Ajara Zetsu, un samurái errante y formidable Eternal Battler perseguido por fuerzas anti-shogunato. Su encuentro arrastra a Ibuki Mizuha y Yui Kusumoto, y pone al Standard y al Eternal Battle en rumbo de colisión. A su alrededor, figuras como Shie Anpachi, Jinzan Takasugi, Ryouga Sakamoto, Fukumaru y Suiboku Bashin se mueven por un país convulso, donde la agitación histórica y el combate sobrenatural llevan cada enfrentamiento mucho más allá de una simple partida de cartas.