Basilisk enfrenta a los clanes ninja Iga y Kouga en una disputa que se arrastra desde hace siglos. Cuando el caudillo Ieyasu Tokugawa ordena un alto el fuego, ambas casas se ven obligadas a deponer las armas, pero la paz solo encubre el odio latente bajo la superficie.
Años después, Gennosuke Kouga, heredero del clan Kouga, y Oboro Iga, heredera del clan Iga, se han enamorado y esperan asegurar la paz mediante un matrimonio. Sus esperanzas se desmoronan cuando la rivalidad entre los clanes vuelve a estallar y quedan arrastrados a otra guerra. En el centro del conflicto hay una disputa sucesoria: los dos nietos de Ieyasu reclaman el derecho a convertirse en el próximo shogun y, para resolver la cuestión, se ordena a los Kouga y a los Iga que envíen a sus diez mejores guerreros a una sangrienta batalla real. Se entregan dos pergaminos con los nombres de los combatientes, que se van marcando con sangre cada vez que cae un guerrero, mientras el vencedor obtiene el favor del shogunato Tokugawa durante mil años. Divididos entre el amor que sienten el uno por el otro y su deber hacia sus clanes, Gennosuke y Oboro se ven obligados a afrontar el coste de la paz y decidir el destino de ambas casas.
