Banana Fish sigue a Aslan Jade Callenreese, más conocido como Ash Lynx, un fugitivo que fue rescatado de las calles de Nueva York y criado por el infame capo mafioso Dino Golzine. A los 17 años, Ash ya es el jefe de su propia banda, pero su vida vuelve a verse envuelta en el peligro cuando empieza a investigar el misterioso «Banana Fish», las mismas dos palabras que su hermano mayor Griffin ha repetido desde que regresó de la guerra de Irak. Esa búsqueda pronto lo arrastra a una red de violencia callejera, crimen organizado y secretos de los que no puede escapar.
Una noche, mientras se oculta en un bar clandestino, Ash queda acorralado cuando Dino envía a sus hombres tras él. Allí se reúne con Skip, su amigo, y conoce a Shunichi Ibe y a su asistente Eiji Okumura, fotógrafos japoneses que cubren las bandas callejeras estadounidenses. La conversación se interrumpe cuando Shorter Wong, uno de los aliados de Ash, le advierte que Dino está cada vez más cerca. Antes de que Ash pueda moverse, los hombres de Dino asaltan el bar, secuestran a Skip y a Eiji, y lo obligan a seguir huyendo.
A partir de ese momento, Banana Fish construye un tenso drama criminal en torno al intento de Ash por rescatar a sus amigos y descubrir la verdad detrás de Banana Fish, mientras sobrevive a la larga sombra de la mafia que moldeó su vida. Atrapado entre la lealtad, el trauma y quienes tratan de controlarlo, Ash sigue adentrándose en un misterio que podría estar vinculado con Griffin, la guerra y la lucha por el poder en el submundo de Nueva York.