Baka to Test to Shoukanjuu se ambienta en la Academia Fumizuki, un centro que clasifica a sus estudiantes según las puntuaciones que obtienen al final de su primer curso. Quienes sacan mejores resultados son asignados a la Clase A, mientras que Akihisa Yoshii acaba en la Clase F, el nivel más bajo de la escuela. Su clase se ve condenada a las peores instalaciones disponibles, desde tatamis podridos y mesas rotas hasta material anticuado y muebles gastados.
La situación apenas mejora cuando Akihisa se encuentra en la misma clase que su amigo Yuuji Sakamoto, mientras que la brillante Mizuki Himeji también es colocada en la F tras enfermar el día del examen. Negándose a aceptar su lamentable situación, la Clase F se une en torno a Yuuji y se enfrenta a las clases mejor clasificadas mediante el sistema de Batallas de Invocación de Exámenes de Fumizuki. En estos combates poco habituales, los estudiantes invocan personajes de fantasía cuyo nivel de poder es equivalente a sus puntuaciones, convirtiendo las notas en armas en enfrentamientos sin cuartel entre clases.
Mientras la Clase F lucha por conseguir mejores privilegios y una oportunidad de ascender en la jerarquía escolar, Akihisa y sus compañeros deben demostrar que incluso el grupo más débil puede convertir el caos, el trabajo en equipo y un orgullo obstinado en victoria.