Babylon sigue al fiscal Zen Seizaki después de que le asignan un caso en el recién creado distrito de Shiniki, en Tokio, donde una denuncia por publicidad engañosa lo conduce hasta Japan Supiri, una empresa farmacéutica acusada de falsear la investigación clínica de un nuevo medicamento. Con la ayuda de su agente asistente Atsuhiko Fumio, Zen profundiza en la investigación a medida que el escándalo se agranda. El rastro documental acaba señalando a Shin Inaba, un anestesiólogo vinculado al caso, y a una pista perturbadora: una página manchada de sangre, pelo y piel, marcada una y otra vez con la letra «F».
A medida que Babylon se amplía más allá de una sola investigación por fraude, la historia vincula las elecciones a la alcaldía de Shiniki con la creación del distrito y con un grupo cada vez mayor de personas cuyos intereses y secretos se entrecruzan de formas cada vez más peligrosas. Una mujer misteriosa parece conectar cada nueva revelación, mientras la serie convierte su planteamiento jurídico en un thriller político sobre la corrupción, la manipulación y la manera en que el poder puede deformar la medicina, la confianza pública y la vida de todos los implicados.