B: The Beginning transcurre en las islas de Cremona, donde un justiciero conocido como Killer B es celebrado por unos y perseguido por otros. Armado con una afilada hoja y habilidades sobrehumanas, Koku se toma la justicia por su mano mientras una ola de crímenes se extiende por el archipiélago, desde ejecuciones encubiertas de malhechores hasta sofisticados ataques contra figuras públicas. Incapaz de capturar a este fuera de la ley, el Servicio Real de Investigación (RIS) recurre a Keith Flick, un detective veterano pero excéntrico que fue relegado al Departamento de Archivos tras una pérdida personal. A medida que Keith analiza el patrón detrás de la violencia, pronto queda claro que hay más de un responsable.
Con la ayuda de su impulsiva compañera Lily Hoshina y el apoyo inesperado del escurridizo Killer B en persona, Keith empieza a desentrañar tramas relacionadas con organizaciones secretas, terrorismo interno y experimentos humanos. Cuanto más profundiza, más implicado parece estar el RIS en asuntos que van más allá del ámbito de la justicia. La corrupción del gobierno, junto con la fiabilidad de sus aliados más cercanos, queda en entredicho a medida que la caza de un asesino revela una conspiración más amplia dentro de Cremona.
