B-gata H-kei se centra en Yamada, una estudiante de primer año de instituto aparentemente perfecta, cuya confianza oculta una torpe obsesión: quiere perder la virginidad antes de graduarse. Sus audaces planes chocan de inmediato con la realidad, porque apenas tiene experiencia con los chicos y le preocupa muchísimo su aspecto, de modo que cada intento de actuar como una experta en romances acaba en otro ridículo fracaso.
Con su mejor amiga Miharu, de carácter franco, observando desde la barrera y el reservado Takashi Kosuda, miembro del club de fotografía, convirtiéndose en el centro de su atención, Yamada va tropezando de un plan en otro en medio de la vida cotidiana del instituto. Lo que empieza como una búsqueda temeraria del romance va volviéndose poco a poco algo más enrevesado y personal, a medida que tiene que enfrentarse a sus inseguridades, a sus propias expectativas y a la incómoda distancia entre la fantasía y los sentimientos reales.
Ambientada en una comedia escolar contemporánea, B-gata H-kei sigue los torpes intentos de Yamada por orientarse entre la atracción, la amistad y la imagen de sí misma, mientras su impulsiva persecución del amor acaba tornándose, poco a poco, inesperadamente sincera.