Debido al dramático aumento del nivel del mar, la humanidad ha perdido gran parte de sus tierras habitables, viéndose obligada a depender de tecnología preexistente para sobrevivir. Entre los muchos afectados por la tragedia, Natsuki Ikaruga, un brillante recién graduado que perdió una pierna en un accidente submarino, se ve reducido a vivir una vida miserable en una isla casi desierta.
Tras encontrarse con una misteriosa mujer llamada Catherine, descubre un avanzado robot humanoide que perteneció a su abuela Nonko, una renombrada climatóloga. Atri, el robot rescatado con la apariencia y el porte de una niña, le revela a Natsuki que Nonko le encomendó una misión importante, pero que ella ha olvidado en qué consistía.
Aunque Natsuki inicialmente planeaba vender a Atri, la oportunidad de conectar con la investigación de su abuela a través de ella lo hace reconsiderar su decisión. En el pasado Natsuki tuvo que sacrificar su sueño para poder formar parte de una prestigiosa misión científica. Pero, al abrirse a sus vecinos de la isla, descubre que todavía puede marcar la diferencia en un mundo desolado.