En Asura Cryin', Tomoharu Natsume parece un estudiante de secundaria corriente, salvo por un detalle imposible: lo sigue constantemente el fantasma de su mejor amiga, Misao Minakami. Tras mudarse a la antigua casa de su hermano mayor, Tomoharu espera instalarse en una rutina normal, pero esa esperanza se viene abajo cuando termina con un misterioso maletín cerrado con llave y sin ninguna instrucción. Al principio planea guardarlo y olvidarse del asunto, pero varios grupos irrumpen en su casa para apoderarse de él. Sin saber siquiera qué contiene ni por qué es importante, Tomoharu y Misao se ven obligados a huir con el maletín.
A medida que continúan los ataques, Tomoharu se ve envuelto en los secretos que rodean al maletín, su vínculo con Misao y la razón por la que encierra el poder de cambiar el mundo. Personajes como Kanade Takatsuki lo arrastran cada vez más a un conflicto que convierte su vida cotidiana en una sucesión de enfrentamientos sobrenaturales e intenciones ocultas. Combinando drama escolar, misterio ocultista y acción, la serie sigue a Tomoharu mientras intenta comprender las fuerzas que se concentran a su alrededor y la verdad que se esconde tras el maletín que ha trastocado su vida.
