Arknights se desarrolla en Terra, un mundo moldeado por el Originium, un mineral cristalino negro que impulsa la tecnología avanzada y las misteriosas Artes, pero que también alimenta las Catástrofes, desastres devastadores que dejan nuevos depósitos y propagan la letal y sumamente contagiosa enfermedad de la Oripatía. A medida que los infectados afrontan una discriminación cada vez mayor, las ciudades y los gobiernos responden con miedo y represión, convirtiendo una crisis médica en una crisis política.
En medio de ese desorden se alza Rhodes Island, una organización farmacéutica paramilitar comprometida con tratar por igual a infectados y no infectados mientras busca una cura para la Oripatía. Sus esfuerzos se ven constantemente complicados por Reunion, una violenta facción rebelde que canaliza la ira de los infectados en ataques contra los mismos sistemas que los han abandonado. Rhodes Island depende de las estrategias del enigmático Doctor, cuya amnesia le ha dejado fragmentos de un pasado que puede resultar crucial para la misión de la organización. A lo largo de Terra, la supervivencia, la medicina y el poder son inseparables, y cada decisión moldea el futuro de quienes quedan atrapados entre la catástrofe y la rebelión.
